أهداف الكلية كثيرة نظرا لطبيعة دورها المتميز للجامعة و المجتمع , فهي ترمي إلى إعداد ملاكات علمية متخصصة من حملة البكالوريوس  مؤهلة على مستوى الخبرة و المهارة في المجال الطبي العام و تأسيس و نشر المعرفة العلمية في المجال الصحي من خلال الأنشطة العلمية الجامعية ( مؤتمرات , ندوات , حلقات دراسية , مجلات علمية ) و تطوير الملاكات الصحية و الطبية في المحافظة من خلال الدورات التدريبية في التخصصات المختلفة . لأجل كل ذلك استحدثت كلية الطب في جامعة ديالى , كما إن رسالة الكلية تتلخص بإعداد أطباء أكفاء. كم تسعى تحسين المستوى العلمي حسب التطورات العلمية الحديثة في كافة مجالات الطب. كما تسعى الكلية إلى تخريج أطباء جيدين  قادرين على خدمة الإنسانية و المجتمع .

ان الجامعة التي تنبع من هذا العمق والامتداد التاريخي لابد ان تكون متميزة وتؤسس لابداع علمي وحضاري أنها - جامعة ديالى - التي ألقى اسمها على عاتقها مسؤولية كبيرة فمن جهة كان لابد لها أن تستوعب امتدادها التاريخي بما يحافظ على تراثها الزاخر بكل ما هو إبداعي ومن جهة أخرى عليها أن تواكب التطورات  التي حدثت للعالم وحولته الى قرية صغيرة